江戸時代末期、長崎まで遊学したエリート青年医師、保本登（加山雄三）は心ならずも貧民たちの施設 小石川療養所に配属される。しかし、そこで「赤ひげ」と呼ばれる医師、新出去定（三船敏郎）に出会い、医術について、またそれ以上のことを学ぶ。
保本は、医者ということ、また人間としていかに医術に携わるべきか？ということを「赤ひげ」から教えられる。当初は、望まない療養所に配属されたため、反発する彼だったが、貧民の医療に関わる中で、様々な人間の終末に立ち会う。
それは、あまりにも悲劇的なものであったが、貧しく死んでゆく人々の平凡な顔の中に、人生の不幸を耐えた美しさを見ることにより、彼は変わっていく。
保本は、赤ひげの医者として人間としての姿勢に共鳴し、療養所で医療に取り組むことを決意し、お仕着せを着る。その日、赤ひげと彼は、幼い身体で客商売を強いられるおとよ（二木てるみ）という少女を助ける。
赤ひげは、「この子は、体も病だが、心の方がもっと病にかかっている。火傷のようにただれている。」と言い、保本におとよをまかせる。
人を信じることを知らない薄幸なおとよが保本の最初の患者であった。彼は、おとよを心底こめて治療する。その献身的な姿勢に心を閉ざしていた彼女は、人を信じること、人を愛することを取り戻していく。そして保本も医者として、人間として成長していく。
この時代の苦しみ抜かれた庶民の生活、また貧しさから生まれる悲しさ、人間の運命など、重い気持ちになってしまいがちであるのに、すがすがしさが感じられるのは、赤ひげと保本の師弟ともいえる関係と、庶民というのは、つらく悲しい現実を生き抜く姿が一番、美しいことが伝わる作品であるからだと思う。
加山雄三は、この頃、若手人気俳優として、若大将シリーズなどに出演していたが、映画の世界は自分には向いていないと感じており、俳優を辞めようと考えていたらしい。
しかし彼は、この映画で黒澤監督に出会い、その映画に取り組む姿勢を見ることにより、「映画界にこういう人がいるのならば、自分ももう少し、映画の世界に身をおいてみよう」と決意したとのこと。
保本が赤ひげに感化されたように加山氏も黒澤監督に感化され、映画人として生きていくことを決意させたというエピソードのある作品でもあります。
